微生物叢と宿主の相互作用・共生の理解と、それに基づく疾患発症のメカニズム解明

データシェアリングのお願い

支援で得られた配列データは、個々の研究に特化した情報解析とは別に、遺伝研のスーパーコンピュータ上にて同一パイプラインで情報解析を行い、得られた属組成やKEGG Orthology等の遺伝子機能組成の統計情報について、統合データベースに格納してアクセス制限無しまたは有りで領域内外の方々に統計量を閲覧できるようにする予定です。今後、本領域内で得られるヒトマイクロバイオームデータの、領域内外での共有を進めていきたいと考えておりますので、ご協力のほど、よろしくお願い致します。

また、ヒトマイクロバイオームのメタボローム解析の生データをデポジットおよび公開して共有できるレポジトリも有田グループが整備を進めています。ご要望などございましたら、ぜひご連絡いただけると幸いです。

  • 岡田 随象
  • 岡本 章玄
  • 梶谷 嶺
  • 金 倫基
  • 後藤 義幸
  • 榊原 康文
  • 坂本 光央
  • 澤 新一郎
  • 岡田 随象

    Kanai M, Tanaka T, Okada Y. Empirical estimation of genome-wide significance thresholds based on the 1000 Genomes Project data set. J Hum Genet, 2016, 61:861-866, doi: 10.1038/jhg.2016.72.
    Jing J, Pattaro C, Hoppmann A, Okada Y, CKDGen Consortium, Fox CS, Kottgen A. Combination of mouse models and genomewide association studies highlights novel genes associated with human kidney function. Kidney Int, 2016, 90:764-773, doi: 10.1016/j.kint.2016.04.004.
    van Rooij FJ, Qayyum R, Smith AV, Zhou Y, Trompet S, Tanaka T, Keller MF, Chang LC, Schmidt H, Yang ML, Chen MH, Hayes J, Johnson AD, Yanek LR, Mueller C, Lange L, Floyd JS, Ghanbari M, Zonderman AB, Jukema JW, Hofman A, van Duijn CM, Desch KC, Saba Y, Ozel AB, Snively BM, Wu JY, Schmidt R, Fornage M, Klein RJ, Fox CS, Matsuda K, Kamatani N, Wild PS, Stott DJ, Ford I, Slagboom PE, Yang J, Chu AY, Lambert AJ, Uitterlinden AG, Franco OH, Hofer E, Ginsburg D, Hu B, Keating B, Schick UM, Brody JA, Li JZ, Chen Z, Zeller T, Guralnik JM, Chasman DI, Peters LL, Kubo M, Becker DM, Li J, Eiriksdottir G, Rotter JI, Levy D, Grossmann V, Patel KV, Chen CH; BioBank Japan Project., Ridker PM, Tang H, Launer LJ, Rice KM, Li-Gao R, Ferrucci L, Evans MK, Choudhuri A, Trompouki E, Abraham BJ, Yang S, Takahashi A, Kamatani Y, Kooperberg C, Harris TB, Jee SH, Coresh J, Tsai FJ, Longo DL, Chen YT, Felix JF, Yang Q, Psaty BM, Boerwinkle E, Becker LC, Mook-Kanamori DO, Wilson JG, Gudnason V, O’Donnell CJ, Dehghan A, Cupples LA, Nalls MA, Morris AP, Okada Y, Reiner AP, Zon LI, Ganesh SK. Genome-wide trans-ethnic meta-analysis identifies seven genetic loci influencing erythrocyte traits and a role for RBPMS in erythropoiesis. Am J Hum Genet, 2017, 100:51-63, doi: 10.1016/j.ajhg.2016.11.016.
    岡田随象. ゲノム創薬. アレルギー, 2016, 65:1231-1232.
    岡田随象. 自己免疫疾患における大規模ヒトゲノム解析の現状. アレルギー, 2016, 65:921-925.
    坂上 沙央里, 岡田随象. 遺伝統計学による創薬. 腎臓内科・泌尿器科, 2016, 5:82-86.
    岸川 敏博, 岡田随象. ゲノム医療時代のバイオインフォマティクス. 医学のあゆみ, 2016, 260:332-334.
    岡田随象. 概論-「ゲノム情報」+「遺伝統計学」=「ゲノム医療」!? 実験医学, 2016, 34:2630-2635.
    Molineros JE, Yang W, Zhou XJ, Sun C, Okada Y, Zhang H, Chua KH, Lau YL, Kochi Y, Suzuki A, Yamamoto K, Ma J, Bang SY, Lee HS, Kim K, Bae SC, Zhang H, Shen N, Looger LL, Nath SK. Confirmation of five novel susceptibility loci for Systemic Lupus Erythematosus (SLE) and integrated network analysis of 82 SLE susceptibility loci. Hum Mol Genet, 2017, 26:1205-1216, doi: 10.1093/hmg/ddx026.
  • 岡本 章玄

    Saito J, Hashimoto K, Okamoto A. Nanoscale secondary ion mass spectrometry analysis of individual bacterial cells reveals feedback from extracellular electron transport to upstream reactions. Electrochemistry, 2017, 85:444-446, doi: 10.5796/electrochemistry.85.444.
  • 梶谷 嶺

  • 金 倫基

    Kim YG, Sakamoto K, Seo SU, Pickard JM, Gillilland MG 3rd, Pudlo NA, Hoostal M, Li X, Wang TD, Feehley T, Stefka AT, Schmidt TM, Martens EC, Fukuda S, Inohara N, Nagler CR, Nunez G. Neonatal acquisition of Clostridia species protects against colonization by bacterial pathogens. Science, 2017, 356:315-319, doi: 10.1126/science.aag2029.
    Sakamoto K, Kim YG, Hara H, Kamada N, Caballero-Flores G, Tolosano E, Soares MP, Puente JL, Inohara N, Nunez G. IL-22 controls iron-dependent nutritional immunity against systemic bacterial infections. Science Immunol, 2017, 2:8, doi: 10.1126/sciimmunol.aai8371.
    Kim YG. Microbiota influences vaccine and mucosal adjuvant efficacy. Immune Network, 2017, 17:20-24, doi: 10.4110/in.2017.17.1.20.
    金倫基, 長谷耕二. マイクロバイオームとアレルギー. 小児内科, 2017, 48:33-37.
  • 後藤 義幸

    後藤 義幸. SFBによる免疫細胞を介した腸管バリア形成機構の解明. 腸内細菌学雑誌, 2016, 30:159-163.
    Goto Y, Uematsu S, Kiyono H. Epithelial glycosylation in gut homeostasis and inflammation. Nat Immunol, 2016, 17:1244-1251, doi: 10.1038/ni.3587.
  • 榊原 康文

  • 坂本 光央

    坂本光央, 大熊盛也. 細菌の分類. 実験医学別冊 NGSアプリケーション 今すぐ始める! メタゲノム解析 実験プロトコール, 2016, 22-26.
    Sakamoto M, Iino T, Ohkuma M. Faecalimonas umbilicata gen. nov., sp. nov., isolated from human faeces, and reclassification of Eubacterium contortum, Eubacterium fissicatena and Clostridium oroticum as Faecalicatena contorta gen. nov., comb. nov., Faecalicatena fissicatena comb. nov. and Faecalicatena orotica com. nov. Int J Syst Evol Microbiol, 2017, 67:1219-1227, doi: 10.1099/ijsem.0.001790.
    Yuki M, Sakamoto M, Kuwahara, H, Hongoh Y, Ohkuma M. Draft genome sequence of Lactococcus sp. strain Rs-Y01, isolated from the gut of the lower termite Reticulitermes speratus. Genome Announc, 5:e00999-17, 2017, doi:10.1128/genomeA.00999-17.
    Yuki M, Sakamoto M, Nishimura Y, Ohkuma M. Lactococcus reticulitermitis sp. nov., isolated from the gut of the subterranean termite Reticulitermes speratus. Int J Syst Evol Microbiol, 68:596-601, 2018, doi:10.1099/ijsem.0.002549.
    Sakamoto M, Iino T, Hamada M, Ohkuma M. Parolsenella catena gen. nov., sp. nov., isolated from human faeces. Int J Syst Evol Microbiol, 68:1165-1172, 2018, doi:10.1099/ijsem.0.002645.
    Sakamoto M, Iino T, Yuki M, Ohkuma M. Lawsonibacter asaccharolyticus gen. nov., sp. nov., a butyrate-producing bacterium isolated from human faeces. Int J Syst Evol Microbiol, 68:2074-2081, 2018, doi:10.1099/ijsem.0.002800.
    Sakamoto M, Ikeyama N, Yuki M, Ohkuma M. Draft genome sequence of Lawsonibacter asaccharolyticus JCM 32166T, a butyrate-producing bacterium, isolated from human feces. Genome Announc, 6:e00563-18, 2018, doi:10.1128/genomeA.00563-18.
    Sakamoto M, Ikeyama N, Yuki M, Ohkuma M. Draft genome sequence of Faecalimonas umbilicata JCM 30896T, an acetate-producing bacterium isolated from human feces. Microbiol Resour Announc, 7:e01091-18, 2018, doi:10.1128/MRA.01091-18.
    Noda S, Sakamoto M, Aihara C, Yuki M, Katsuhara M, Ohkuma M. Lactococcus termiticola sp. nov., isolated from the gut of the wood-feeding higher termite Nasutitermes takasagoensis. Int J Syst Evol Microbiol, 68:3832-3836, 2018, doi:10.1099/ijsem.0.003068.
    Sakamoto M, Ikeyama N, Kunihiro T, Iino T, Yuki M, Ohkuma M. Mesosutterella multiformis gen. nov., sp. nov., a member of the family Sutterellaceae and Sutterella megalosphaeroides sp. nov., isolated from human faeces. Int J Syst Evol Microbiol, 68:3942-3950, 2018, doi:10.1099/ijsem.0.003096.
    Naradasu D, Miran W, Sakamoto M, Okamoto A. Isolation and characterization of human gut bacteria capable of extracellur electron transport by electrochemical techniques. Front Microbiol, 9:3267, 2019, doi:10.3389/fmicb.2018.03267.
    Ogata Y, Suda W, Ikeyama N, Hattori M, Ohkuma M, Sakamoto M. Complete genome sequence of Phascolarctobacterium faecium JCM 30894, a succinate-utilizing bacterium isolated from human feces. Microbiol Resour Announc, 8:e01487-18, 2019, doi:10.1128/MRA.01487-18.
    Sakamoto M, Ikeyama N, Murakami T, Mori H, Ohkuma M. Comparative genomics of Parolsenella catena and Libanicoccus massiliensis: Reclassification of Libanicoccus massiliensis as Parolsenella massiliensis comb. nov. Int J Syst Evol Microbiol, 69:1123-1129, 2019, doi:10.1099/ijsem.0.003283.
    Ikeyama N, Ohkuma M, Sakamoto M. Draft genome sequence of Mesosutterella multiformis JCM 32464T, a member of the family Sutterellaceae, isolated from human feces. Microbiol Resour Announc, 8:e00478-19, 2019, doi:10.1128/MRA.00478-19.
    Sakamoto M, Ikeyama N, Ogata Y, Suda W, Iino T, Hattori M, Ohkuma M. Alistipes communis sp. nov., Alistipes dispar sp. nov. and Alistipes onderdonkii subsp. vulgaris subsp. nov., isolated from human faeces, and creation of Alistipes onderdonkii subsp. onderdonkii subsp. nov. Int J Syst Evol Microbiol, 70:473-480, 2020, doi:10.1099/ijsem.0.003778.
    Sakamoto M, Ikeyama N, Toyoda A, Murakami T, Mori H, Iino T, Ohkuma M. Dialister hominis sp. nov. isolated from human faeces. Int J Syst Evol Microbiol, 70:589-595, 2020, doi:10.1099/ijsem.0.003797.
    Ogata Y, Sakamoto M, Ohkuma M, Hattori M, Suda W. Complete genome sequence of Akkermansia muciniphila JCM 30893, isolated from feces of a healthy Japanese male. Microbiol Resour Announc, 9:e01543-19, 2020, doi:10.1128/MRA.01543-19.
    Dekio I, Sakamoto M, Suzuki T, Yuki M, Kinoshita S, Murakami Y, Ohkuma M. Cutibacterium modestum sp. nov., isolated from meibum of human meibomian glands, and emended descriptions of Cutibacterium granulosum and Cutibacterium namnetense. Int J Syst Evol Microbiol, 70:2457-2462, 2020, doi:10.1099/ijsem.0.004058.
    Ikeyama N, Toyoda A, Morohoshi S, Kunihiro T, Murakami T, Mori H, Iino T, Ohkuma M, Sakamoto M. Amedibacterium intestinale gen. nov., sp. nov., isolated from human faeces, and reclassification of Eubacterium dolichum Moore et al. 1976 (Approved Lists 1980) as Amedibacillus dolichus gen. nov., comb. nov. Int J Syst Evol Microbiol, 70:3656-3664, 2020, doi:10.1099/ijsem.0.004215.
    Noda S, Koyama F, Aihara C, Ikeyama N, Yuki M, Ohkuma M, Sakamoto M. Lactococcus insecticola sp. nov. and Lactococcus hodotermopsidis sp. nov., isolated from the gut of the wood-feeding lower termite Hodotermopsis sjostedti. Int J Syst Evol Microbiol, 70:4515-4522, 2020, doi:10.1099/ijsem.0.004309.
    Liou JS, Huang CH, Ikeyama N, Lee AY, Chen IC, Blom J, Chen CC, Chen CH, Lin YC, Hsieh SY, Huang L, Ohkuma M, Watanabe K, Sakamoto M. Prevotella hominis sp. nov., isolated from human faeces. Int J Syst Evol Microbiol, 70:4767-4773, 2020, doi:10.1099/ijsem.0.004342.
  • 澤 新一郎

    Onder L, Morbe U, Pikor N, Novkovic M, Cheng HW, Hehlgans T, Pfeffer K, Becher B, Waisman A, Rulicke T, Gommerman J, Mueller CG, Sawa S, Scandella E, Ludewig B. Lymphatic endothelial cells control initiation of lymph node organogenesis. Immunity, 47:80-92.e4, doi: 10.1016/j.immuni.2017.05.008.
    Nagashima K, Sawa S, Nitta T, Tsutsumi M, Okamura T, Penninger JM, Nakashima T, Takayanagi H. Identification of subepithelial mesenchymal cells that induce IgA and diversify gut microbiota. Nat Immunol, 2017, 18:675-682, doi: 10.1038/ni.3732.
    Okamoto K, Nakashima T, Shinohara M, Negishi-Koga T, Komatsu N, Terashima A, Sawa S, Nitta T, Takayanagi H. Osteoimmunology: the conceptual framework unifying the immune and skeletal systems. Physiol Rev, 2017, 97:1295-1349, doi: 10.1152/physrev.00036.2016.
    澤 新一郎. 新生児腸内細菌叢はどのように形成されるか? 生体の科学, 2017, 68:1-4.

  • 天谷 雅行グループ
  • 大野 欽司グループ
  • 金井 隆典グループ
  • 竹田 潔グループ
  • 西川 博嘉グループ
  • 天谷 雅行グループ

    Yokouchi M, Atsugi T, Logtestijn MV, Tanaka RJ, Kajimura M, Suematsu M, Furuse M, Amagai M, Kubo A. Epidermal cell turnover across tight junctions based on Kelvin’s tetrakaidecahedron cell shape. Elife, 2016, 5:e19593, doi: 10.7554/eLife.19593.
    横内麻里子, 久保亮治, 天谷雅行. 皮膚バリアの破綻とアトピー性皮膚炎. Medical
    天谷雅行. 皮膚バリアとアトピー性疾患. 日本食品免疫学会講演記録集, 2016, 2:139–141.
    川崎洋, 川上英良, 天谷雅行, 古関明彦. アトピー性皮膚炎のリバーストランスレーショナルリサーチ. 実験医学, 2017, 35:33–39.
    Kato F, Nakamura M, Sugai M. The development of fluorescent protein tracing vectors for multicolor imaging of clinically isolated Staphylococcus aureus. Sci Rep, 2017, 7:2865, doi: 10.1038/s41598-017-02930-7.
  • 大野 欽司グループ

    Imai K, Kotani T, Tsuda H, Mano Y, Nakano T, Ushida T, Li H, Miki R, Sumigama S, Iwase A, Hirakawa A, Ohno K, Toyokuni S, Takeuchi H, Mizuno T, Suzumura A, Kikkawa F. Neuroprotective potential of molecular hydrogen against perinatal brain injury via suppression of activated microglia. Free Radic Biol Med, 2016, 91:154-163, doi: 10.1016/j.freeradbiomed.2015.12.015.
    Hirayama M, Tsunoda M, Yamamoto M, Tsuda T, Ohno K. Serum tyrosine-to-phenylalanine ratio is low in Parkinson’s disease. J Parkinsons Dis, 2016, 6:423-431, doi: 10.3233/JPD-150736.
    Muramatsu Y, Ito M, Oshima T, Kojima S, Ohno K. Hydrogen-rich water ameliorates bronchopulmonary dysplasia (BPD) in newborn rats. Pediatr Pulmonol, 2016, 51:928-935, doi: 10.1002/ppul.23386.
    Lin Y, Ohkawara B, Ito M, Misawa N, Miyamoto K, Takegami Y, Masuda A, Toyokuni S, Ohno K. Molecular hydrogen suppresses activated Wnt/beta-catenin signaling. Sci Rep, 2016, 6:31986, doi: 10.1038/srep31986.
    Ushida T, Kotani T, Tsuda H, Imai K, Nakano T, Hirako S, Ito Y, Li H, Mano Y, Wang J, Miki R, Yamamoto E, Iwase A, Bando YK, Hirayama M, Ohno K, Toyokuni S, Kikkawa F. Molecular hydrogen ameliorates several characteristics of preeclampsia in the Reduced Uterine Perfusion Pressure (RUPP) rat model. Free Radic Biol Med, 2016, 101:524-533, doi: 10.1016/j.freeradbiomed.2016.10.491.
    Kashihara K, Nomura T, Maeda T, Tsuboi Y, Mishima T, Takigawa H, Nakashima K. Beneficial effects of ramelteon on rapid eye movement sleep behavior disorder associated with Parkinson’s disease – results of a multicenter open trial. Intern Med, 2016, 55:231-236, doi: 10.2169/internalmedicine.55.5464.
    Kubo S, Hamada S, Maeda T, Uchiyama T, Hashimoto M, Nomoto N, Kano O, Takahashi T, Terashi H, Takahashi T, Hatano T, Hasegawa T, Baba Y, Sengoku R, Watanabe H, Kadowaki T, Inoue M, Kaneko S, Shimura H, Nagayama H. A Japanese multicenter survey characterizing pain in Parkinson’s disease. J Neurol Sci, 2016, 365:162-166, doi: 10.1016/j.jns.2016.04.015.
    Yoritaka A, Abe T, Ohtsuka C, Maeda T, Hirayama M, Watanabe H, Saiki H, Oyama G, Fukae J, Shimo Y, Hatano T, Kawajiri S, Okuma Y, Machida Y, Miwa H, Suzuki C, Kazama A, Tomiyama M, Kihara T, Hirasawa M, Shimura H, Hattori N. A randomized double-blind multi-center trial of hydrogen water for Parkinson’s disease: protocol and baseline characteristics. BMC Neurol, 2016, 16:66, doi: 10.1186/s12883-016-0589-0.
    Umemoto G, Fujioka S, Yanamoto S, Fukae J, Tsuboi Y. A case of sudden deterioration in Parkinson disease. Neurology, 2016, 87:1422, doi: 10.1212/WNL.0000000000003163.
    Onozawa R, Tsugawa J, Tsuboi Y, Fukae J, Mishima T, Fujioka S. The impact of early morning off in Parkinson’s disease on patient quality of life and caregiver burden. J Neurol Sci, 2016, 364:1-5, doi: 10.1016/j.jns.2016.02.066.
    Miyake Y, Tanaka K, Fukushima W, Kiyohara C, Sasaki S, Tsuboi Y, Oeda T, Shimada H, Kawamura N, Sakae N, Fukuyama H, Hirota Y, Nagai M, Nakamura Y, Fukuoka Kinki Parkinson’s Disease Study Group. PARK16 polymorphisms, interaction with smoking, and sporadic Parkinson’s disease in Japan. J Neurol Sci, 2016, 362:47-52, doi: 10.1016/j.jns.2016.01.021.
    柏原健一. パーキンソン病における認知障害の早期診断法. Dementia Japan, 2016, 30:213-222.
    柏原健一, 北山通朗, 濱口敏和. ダットスキャン早期像の臨床的意義―5 症例の検討. 運動障害, 2016, 26:27-32.
    柏原健一, 濱口敏和, 北村通朗. チェックリストを用いた Parkinson 病患者の症状把握. 神経内科, 2016, 84:88-93.
    柏原健一. パーキンソン病診断における自律神経症状の意義. 自律神経, 2016, 53:111-119.
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  • 金井 隆典グループ

    Hosoe N, Matsukawa S, Kanno Y, Naganuma M, Imaeda H, Ida Y, Tsuchiya Y, Hibi T, Ogata H, Kanai T. Cross-sectional small intestinal surveillance of maintenance hemodialysis patients using video capsule endoscopy: SCHEMA study. Endosc Int Open, 2016, 4:E589-E596, doi: 10.1055/s-0042-105203.
    Fujii M, Shimokawa M, Date S, Takano A, Matano M, Nanki K, Ohta Y, Toshimitsu K, Nakazato Y, Kawasaki K, Uraoka T, Watanabe T, Kanai T, Sato T. A colorectal tumor organoid library demonstrates progressive loss of niche factor requirements during tumorigenesis. Cell Stem Cell, 2016, 18:827-838, doi: 10.1016/j.stem.2016.04.003.
    Suzuki H, Hisamatsu T, Chiba S, Mori K, Kitazume MT, Shimamura K, Nakamoto N, Matsuoka K, Ebinuma H, Naganuma M, Kanai T. Glycolytic pathway affects differentiation of human monocytes to regulatory macrophages. Immunol Lett, 2016, 176:18-27, doi: 10.1016/j.imlet.2016.05.009.
    Arai M, Naganuma M, Sugimoto S, Kiyohara H, Ono K, Mori K, Saigusa K, Nanki K, Mutaguchi M, Mizuno S, Bessho R, Nakazato Y, Hosoe N, Matsuoka K, Inoue N, Ogata H, Iwao Y, Kanai T. The Ulcerative Colitis Endoscopic Index of Severity (UCEIS) is useful to predict medium to long-term prognosis in ulcerative colitis patients with clinical remission. J Crohns Colitis, 2016, 10:1303-1309, doi: 10.1093/ecco-jcc/jjw104.
    Sugimoto S, Naganuma M, Kanai T. Indole compounds may be promising medicines for ulcerative colitis. J Gastroenterol, 2016, 51:853-861, doi: 10.1007/s00535-016-1220-2.
    Saito Y, Nakaoka T, Sakai K, Muramatsu T, Toshimitsu K, Kimura M, Kanai T, Sato T, Saito H. Inhibition of DNA methylation suppresses intestinal tumor organoids by inducing an anti-viral response. Sci Rep, 2016, 6:25311, doi: 10.1038/srep25311.
    Kawasaki K, Hamamoto Y, Fukada J, Adachi M, Sasaki H, Takaishi H, Yoshida K, Kanai T. Fatal hemorrhage in a patient with advanced soft tissue sarcoma following radiation and pazopanib treatment. Oncol Lett, 2016, 11:2408-2410, doi: 10.3892/ol.2016.4246.
    Saigusa K, Matsuoka K, Sugimoto S, Arai M, Kiyohara H, Takeshita K, Mizuno S, Mori K, Nanki K, Takeshita T, Nakazato Y, Yajima T, Naganuma M, Hisamatsu T, Ogata H, Iwao Y, Kanai T. Ulcerative colitis endoscopic index of severity is associated with long-term prognosis in ulcerative colitis patients treated with infliximab. Dig Endosc, 2016, 28:665-670, doi: 10.1111/den.12655.
    Sugimoto S, Naganuma M, Kiyohara H, Arai M, Ono K, Mori K, Saigusa K, Nanki K, Takeshita K, Takeshita T, Mutaguchi M, Mizuno S, Bessho R, Nakazato Y, Hisamatsu T, Inoue N, Ogata H, Iwao Y, Kanai T. Clinical efficacy and safety of oral Qing-Dai in patients with ulcerative colitis: A single-center open-label prospective study. Digestion, 2016, 93:193-201, doi: 10.1159/000444217.
    Kawasaki K, Hamamoto Y, Adachi M, Kanai T, Takaishi H. Early tumor cavitation with regorafenib in metastatic colorectal cancer. Oncol Lett, 2016, 11:231-233, doi: 10.3892/ol.2015.3905.
    Imaeda H, Nakajima K, Hosoe N, Nakahara M, Zushi S, Kato M, Kashiwagi K, Matsumoto Y, Kimura K, Nakamura R, Wada N, Tsujii M, Yahagi N, Hibi T, Kanai T, Takehara T, Ogata H. Percutaneous endoscopic gastrostomy under steady pressure automatically controlled endoscopy. World J Gastrointest Endosc, 2016, 8:186-191, doi: 10.4253/wjge.v8.i3.186.
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    Takeoka T, Nagase H, Kurose K, Ohue Y, Yamasaki M, Takiguchi S, Sato E, Isobe M, Kanazawa T, Matsumoto M, Iwahori K, Kawashima A, Morimoto-Okazawa A, Nishikawa H, Oka M, Pan L, Venhaus R, Nakayama E, Mori M, Doki Y, Wada H. NY-ESO-1 protein cancer vaccine with poly-ICLC and OK-432: rapid and strong induction of NY-ESO-1-specific immune responses by poly-ICLC. J Immunother, 2017, 40:140-147, doi: 10.1097/CJI.0000000000000162.
    Hamano Y, Kida H, Ihara S, Murakami A, Yanagawa M, Ueda K, Honda O, Tripathi LP, Arai T, Hirose M, Hamasaki T, Yano Y, Kimura T, Kato Y, Takamatsu H, Otsuka T, Minami T, Hirata H, Inoue K, Nagatomo I, Takeda Y, Mori M, Nishikawa H, Mizuguchi K, Kijima T, Kitaichi M, Tomiyama N, Inoue Y, Kumanogoh A. Classification of idiopathic interstitial pneumonias using anti-myxovirus resistance-protein 1 autoantibody. Sci Rep, 2017, 7:43201, doi: 10.1038/srep43201.
    Nakamura T, Yamashita S, Fukumura K, Nakabayashi J, Tanaka K, Tamura K, Tateishi K, Kinoshita M, Fukushima S, Takami H, Fukuoka K, Yamazaki K, Matsushita Y, Ohno M, Miyakita Y, Shibui S, Kubo A, Shuto T, Kocialkowski S, Yamanaka S, Mukasa A, Sasayama T, Mishima K, Maehara T, Kawahara N, Nagane M, Narita Y, Mano H, Ushijima T, Ichimura K. Genome-wide DNA methylation profiling identifies primary central nervous system lymphoma as a distinct entity different from systemic diffuse large B-cell lymphoma. Acta Neuropathol, 2017, 133:321-324, doi: 10.1007/s00401-016-1664-8.
    Kawai S, Iijima H, Shinzaki S, Hiyama S, Yamaguchi T, Araki M, Iwatani S, Shiraishi E, Mukai A, Inoue T, Hayashi Y, Tsujii M, Motooka D, Nakamura S, Iida T, Takehara T. Indigo Naturalis ameliorates murine dextran sodium sulfate-induced colitis via aryl hydrocarbon receptor activation. J Gastroenterol, 2017, 52:904-919, doi: 10.1007/s00535-016-1292-z.
    Motooka D, Fujimoto K, Tanaka R, Yaguchi T, Gotoh K, Maeda Y, Furuta Y, Kurakawa T, Goto N, Yasunaga T, Narazaki M, Kumanogoh A, Horii T, Iida T, Takeda K, Nakamura S. Fungal ITS1 deep-sequencing strategies to reconstruct the composition of a 26-species community and evaluation of the gut mycobiota of healthy Japanese individuals. Front Microbiol, 2017, 8:238, doi: 10.3389/fmicb.2017.00238.

平成30年度開始課題

D-アミノ酸を介した細菌叢-宿主相互作用による粘膜免疫構築機構と免疫疾患における病態生理学的意義の解明
笹部 潤平 慶應義塾大学

シングルセルグライコミクスによる微生物叢の一斉解析
舘野 浩章 産業技術総合研究所

生活習慣病に関わる「未知腸内細菌-ウイルス-宿主」間相互作用メカニズムの解明
玉木 秀幸 産業技術総合研究所

腸内細菌叢によるT細胞の老化とがん化促進メカニズムの解明
中司 寛子 慶應義塾大学

免疫抑制化レセプターに着目した微生物叢と宿主の共生および疾患発症メカニズムの解明
平安 恒幸 金沢大学

微生物叢と宿主の相互作用に基づく膵がん発症メカニズムの解明
福田 晃久 京都大学

栄養素特異的腸内細菌制御機構と腸内細菌由来代謝産物を介した免疫・代謝ネットワークの解明
藤坂 志帆 富山大学

ヒト腸内細菌Bacteroides2菌種の抗炎症作用機序の解明と慢性炎症性疾患治療への応用
山下 智也 神戸大学

平成29年度開始課題

腸内細菌叢と病原細菌の相互作用解析に基づくマウス腸管感染モデルの構築とその応用
芦田 浩 東京医科歯科大学

腸内細菌により駆動される成人病胎児起源説DOHaDの分子機構解明
小幡 史明 東京大学

消化管内分泌細胞と腸内細菌叢との相互作用メカニズム解明
倉石 貴透 金沢大学

細菌叢―神経叢間相互作用による腸内環境維持機構の解明
倉島 洋介 千葉大学

ヒト腸内細菌種による免疫細胞誘導機構とがん免疫への寄与の解明
田之上 大 慶應義塾大学

皮膚常在微生物による宿主皮膚炎症反応制御メカニズムの解明
中島 沙恵子 京都大学

胃発癌過程における胃内細菌叢変化と、消化管内連関を介した下部消化管への影響および神経関連シグナルとの相互作用の解明
早河 翼 東京大学

皮膚感染症・慢性炎症性疾患予防および治療法開発のための黄色ブドウ球菌のゲノム変異制御と細菌叢コントロール
松岡 悠美 千葉大学

平成28年度開始課題

遺伝統計学が紐解く微生物叢・宿主・疾患・創薬のクロストーク
岡田 随象 大阪大学

発現マッピング法による細菌叢電気相互作用の追跡と制御基盤の構築
岡本 章玄 物質・材料研究機構

高完成度ドラフトゲノム構築による種内変異レベル解像度のメタゲノミクス
梶谷 嶺 東京工業大学

幼児期のIgE応答制御による腸内細菌仮説の検証
金 倫基 慶應義塾大学

腸管上皮細胞の糖鎖を介した腸内微生物叢制御機構の解明
後藤 義幸 千葉大学

メタゲノムアセンブリに基づくメタトランスクリプトーム解析手法の構築とコモンマーモセットメタトランスクリプトーム地図の作成
榊原 康文 慶應義塾大学

難培養微生物の分離培養と微生物間共生機構の解明
坂本 光央 理化学研究所

新生児腸内細菌叢形成メカニズムの解明
澤 新一郎 北海道大学

準備中

平成29年度採択のAMED-CREST微生物叢3課題のうち、国立遺伝学研究所生命情報研究センターの豊田敦特任教授を代表とする研究課題「ヒトマイクロバイオーム研究開発支援拠点の形成」は、拠点機能課題としての採択であり、本AMED-CREST/PRIME領域における研究開発を支援する拠点としての役割を担います。具体的には、我が国のマイクロバイオーム研究の基盤を構築することを目的として、

1. アンプリコン・ショットガンメタゲノムシーケンシングおよび情報解析の支援
2. 領域内データ共有システムの構築
3. ヒトマイクロバイオーム統合DBおよびデータショーケース・ポータルサイト構築
4. ヒトマイクロバイオームデータの倫理指針の策定
5. ヒトマイクロバイオームの実験・情報解析の推奨プロトコルの提案
6. 実験・情報両面での支援に資する高度技術開発

の6項目の研究開発を実施します。
支援体制としては、

国立遺伝学研究所 豊田敦グループ 代表・ショットガンメタゲノムシーケンシング支援及び高度化
国立遺伝学研究所 森宙史グループ DNAデータの情報解析支援及び統合DB整備
国立遺伝学研究所 有田正規グループ メタボロームデータの統合DB整備
医薬基盤・健康・栄養研究所     國澤純グループ アンプリコンシーケンシング支援

の4グループから構成されており、平成30年度から領域内に対する本格的な支援を行っております。

1の支援については、糞便等からのDNA抽出やMiSeqを用いたアンプリコンシーケンシング支援については、医薬基盤・健康・栄養研究所國澤グループが担当しています。国立遺伝学研究所豊田グループでは、NovaSeq6000/HiSeq2500を用いたショットガンメタゲノム解析やメタトランスクリプトーム解析のシーケンシング支援を行なっております。さらに PacBioのSequel IIおよびNanopore GridIONなどの長鎖型シーケンサーなどを用いた個別菌の新規ゲノム解析やメタゲノムシーケンシングの支援も実施しています。今後多くのシーケンシング支援依頼をお待ちしております。シーケンサーから得られた配列データについては、遺伝研の森グループが情報解析支援を担当しており、既に領域内のいくつかのグループからの依頼で、個別菌のゲノムデータや糞便等のアンプリコンおよびメタゲノムデータの情報解析支援を行なっております。マイクロバイオームのメタボローム解析の技術相談やデータ共有の支援については、遺伝研の有田グループが担当しております。なお、支援を行った各研究に最後まで責任を持つために基本的には共同研究形式で支援を行っており、支援に必要な試薬代等の実費は原則支援依頼者負担とさせていただいております。

AMED-CREST/PRIME 「微生物叢と宿主の相互作用・共生の理解と、それに基づく疾患発症のメカニズム解明」領域では、支援拠点が中心となって、2018年度から、本領域の取り組みや得られた研究成果の領域内外での情報共有を促進するために、PDF形式のニュースレターを定期的(年2回ほどを予定)に発行し本サイトで公開していきます。
下記に、既に発行済みのニュースレターのPDFファイルへのリンクがあります。

News letter vol. 6 (2020年12月)

News letter vol. 5 (2020年5月)

News letter vol. 4 (2019年11月)

News letter vol. 3 (2019年6月)

News letter vol. 2 (2018年11月)

News letter vol. 1 (2018年5月)

平成30年度開始課題 (研究開発代表者のみ掲載)

腸肝軸を介した腸内細菌叢が関わる肝疾患発症メカニズムの解明とその制御
大谷 直子 大阪市立大学

歯周病による口腔内の細菌環境悪化と全身状態の変化を繋ぐ分子機構の解明
村上 伸也 大阪大学

腸内細菌叢を介した神経炎症・変性・神経発達障害の修飾機序に関する研究
山村 隆 国立精神・神経医療研究センター

平成29年度開始課題 (研究開発代表者のみ掲載)

ヒトマイクロバイオーム研究開発支援拠点の形成
豊田 敦 国立遺伝学研究所

腸内代謝物に基づく宿主エネルギー恒常性維持への腸内細菌叢関与の解明と生活習慣病予防・治療基盤の確立
木村 郁夫 東京農工大学

腸管IgA抗体による腸内細菌叢制御機構の解明
新藏 礼子 東京大学

平成28年度開始課題 (研究開発代表者のみ掲載)

皮膚細菌叢と宿主の相互作用理解に基づく炎症性疾患制御法の開発
天谷 雅行 慶應義塾大学

パーキンソン病の起因となる腸管α-synuclein異常蓄積に対する腸内細菌叢の関与の解明
大野 欽司 名古屋大学

腸内細菌-上皮細胞相互作用から読み解く疾患発症メカニズムの解明
金井 隆典 慶應義塾大学

腸内微生物叢の宿主共生と宿主相互作用機構の解明
竹田 潔 大阪大学

腸内細菌叢のがん免疫応答への関わりの解明によるがん治療への展開
西川 博嘉 国立がん研究センター

本研究開発領域では、ヒト微生物叢の制御に着目した新しい健康・医療シーズの創出に資する、微生物叢と宿主の相互作用・共生の理解と、それに基づく疾患発症のメカニズムを解明することを目的とします。

消化器、皮膚、口腔、鼻腔、呼吸器、生殖器等の人体が外部環境と接するあらゆるところに、細菌や真菌、ウィルス等の様々な微生物が生息しており、それぞれ特有な微生物叢を形成しています。近年、この微生物叢が多くの疾患や病態において健常者と異なることが明らかとなり、微生物叢が私たちの健康や疾患に深く関与していることが示唆されています。しかしながら、微生物叢の形成・変化、健康や疾患発症・進行への関与といった、微生物叢と宿主の相互作用・共生・疾患発症のメカニズムについては未だ多くの点が不明のままです。

本研究開発領域では、そのメカニズムを包括的に理解し、微生物叢と宿主の相互作用という新しい機序に基づく健康・医療技術シーズの創出につなげることを目指します。

発足年度

平成28年度

評価・運営体制

・研究開発総括(プログラムスーパーバイザー/PS)
笹川 千尋 千葉大学真菌医学研究センター センター長

・研究開発副総括(プログラムオフィサー/PO)
大野 博司 理化学研究所生命医科学研究センター 粘膜システム研究チーム チームリーダー

・アドバイザー
椛島 健治 京都大学大学院医学研究科 教授
北野 宏明 特定非営利活動法人システム・バイオロジー研究機構 会長
熊ノ郷 淳 大阪大学大学院医学系研究科 教授
黒川 顕 国立遺伝学研究所 教授
坂田 恒昭 塩野義製薬株式会社 シニアフェロー
白髭 克彦 東京大学定量生命科学研究所 教授/所長
土肥 多恵子 国立国際医療研究センター研究所 肝炎・免疫研究センター 客員研究員
林 哲也 九州大学大学院医学研究院 教授
福崎 英一郎 大阪大学大学院工学研究科 教授
松木 隆広 株式会社ヤクルト本社中央研究所 室長