平成29年度採択のAMED-CREST微生物叢3課題のうち、国立遺伝学研究所生命情報研究センターの豊田敦特任教授を代表とする研究課題「ヒトマイクロバイオーム研究開発支援拠点の形成」は、拠点機能課題としての採択であり、本AMED-CREST/PRIME領域における研究開発を支援する拠点としての役割を担います。具体的には、我が国のマイクロバイオーム研究の基盤を構築することを目的として、
| 1. アンプリコン・ショットガンメタゲノムシーケンシングおよび情報解析の支援 |
|---|
| 2. 領域内データ共有システムの構築 |
| 3. ヒトマイクロバイオーム統合DBおよびデータショーケース・ポータルサイト構築 |
| 4. ヒトマイクロバイオームデータの倫理指針の策定 |
| 5. ヒトマイクロバイオームの実験・情報解析の推奨プロトコルの提案 |
| 6. 実験・情報両面での支援に資する高度技術開発 |
の６項目の研究開発を実施します。
支援体制としては、
| 国立遺伝学研究所 豊田敦グループ | 代表・ショットガンメタゲノムシーケンシング支援及び高度化 |
|---|---|
| 国立遺伝学研究所 森宙史グループ | DNAデータの情報解析支援及び統合DB整備 |
| 国立遺伝学研究所 有田正規グループ | メタボロームデータの統合DB整備 |
| 医薬基盤・健康・栄養研究所 國澤純グループ | アンプリコンシーケンシング支援 |
の4グループから構成されており、平成30年度から領域内に対する本格的な支援を行っております。
1の支援については、糞便等からのDNA抽出やMiSeqを用いたアンプリコンシーケンシング支援については、医薬基盤・健康・栄養研究所國澤グループが担当しています。国立遺伝学研究所豊田グループでは、NovaSeq6000/HiSeq2500を用いたショットガンメタゲノム解析やメタトランスクリプトーム解析のシーケンシング支援を行なっております。さらに PacBioのSequel IIおよびNanopore GridIONなどの長鎖型シーケンサーなどを用いた個別菌の新規ゲノム解析やメタゲノムシーケンシングの支援も実施しています。今後多くのシーケンシング支援依頼をお待ちしております。シーケンサーから得られた配列データについては、遺伝研の森グループが情報解析支援を担当しており、既に領域内のいくつかのグループからの依頼で、個別菌のゲノムデータや糞便等のアンプリコンおよびメタゲノムデータの情報解析支援を行なっております。マイクロバイオームのメタボローム解析の技術相談やデータ共有の支援については、遺伝研の有田グループが担当しております。なお、支援を行った各研究に最後まで責任を持つために基本的には共同研究形式で支援を行っており、支援に必要な試薬代等の実費は原則支援依頼者負担とさせていただいております。